Dos sacerdotes jesuitas, Sebastião Rodrigues y Francis Garrpe, viajan al Japón del siglo XVII que, bajo el shogunato Tokugawa, prohibió el catolicismo y casi todos los contactos extranjeros. Allí son testigos de la persecución de los cristianos japoneses a manos de su propio gobierno que desea purgar Japón de toda influencia occidental. Eventualmente los sacerdotes se separan y Rodrigues viaja por el campo, preguntándose por qué Dios permanece en silencio mientras Sus hijos sufren.

Le samouraï Shinbei Uryu dénonce la corruption de son supérieur mais sa démarche est rejetée. Il est expulsé du clan. Peu de temps après, sa femme Shino tombe gravement malade et meurt. Juste avant sa mort, elle demande à Shinbei Uryu de lui faire la promesse de regagner le clan et d'aider Uneme Sakakibara. Shinbei Uryu et Uneme Sakakibara furent autrefois des amis, mais ils sont devenus des rivaux pour gagner l'affection de Shino. Uneme Sakakibara est également lié à l'exil de Shinbei Uryu.